1945- يىلى 4-ئاينىڭ 8-كۈنى ، شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتى مىللىي ئارمىيىسىنىڭ قۇرۇلغانلىقى چوڭ ھەربىي پارات بىلەن ئېلان قىلىندى ۋە شەرقىي تۈركىستانغا تارقالغان ھەر خىل قوراللىق گۇرۇپپىلار يەتتە پولك، تۆت مۇستەقىل باتالىيون ۋە بىر مۇستەقىل روتا قىلىپ  تەشكىللەندى. خىتتايلاردىن باشقا بارلىق مىللەتلەر شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسىگە قوبۇل قىلىندى. 

1946-يىلى ئەزا سانى ئەڭ كۆپ بولغان چاغدا، شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسىنىڭ جەمئىي 40000 رەسمىي ئەسكىرى ۋە 20000 زاپاس ئەسكەر بار ئىدى. شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيە قوماندانلىق شتابىدا سىياسىي باشقارما، ئۇرۇش باسقارمىسى، ھەربىي ئىشلار باشقارمىسى، كادىرلار باشقارمىسى، رازۋېدكا باشقارمىسى ۋە ئارقا سەپ ۋە قاتناش باشقارمىسى قاتارلىق بىر قاتار باشقارمىلار قۇرۇلدى. سوۋېت ئىتتىپاقى يەنە ھەربىي مەسلىھەتچىلەرنى شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيەسى ئىچىگە ئورۇنلاشتۇرۇپ، ئۇلارنى تەربىيىلەشكە «ياردەم قىلغان» ۋە ھەرىكىتىنى نازارەت قىلىپ تۇرغان ئىدى.

شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسىنىڭ قوراللىرى ئاساسەن گېرمان قوراللىرى بولۇپ، ئۇنىڭدىن سىرت  سوۋېت بىر قىسىم سوۋېت قوراللىرى ۋە گومىنداڭچى خىتتايلاردىن ئولجا ئېلىنغان ئامېرىكا قوراللىرى بىلەن قوراللانغان ئىدى. ئۇلارنىڭ دەسلەپكى قوراللىرىنىڭ كۆپىنچىسى سوۋېت ئىتتىپاقى تەرىپىدىن شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتىگە سېتىپ بېرىلگەن. شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسىنىڭ توپچىلار باتالىيونى ئەسلىدە كەم دېگەندە 12 زەمبىرەك ، ئىككى برونىك ماشىنا ۋە ئىككى تانكىدىن تەركىب تاپقان. شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسى غۇلجادىكى خىتتاي جۇمھۇرىيىتى (گومىنداڭ) ھاۋا ئارمىيە بازىسىدا قولغا چۈشۈرگەن قىرىق ئىككى ئايروپىلان بىلەن دۆلەتلىك ھاۋا ئارمىيىسى قۇرۇلدى.

1945- يىلى 7-ئايغا كەلگەندە ، شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسى شەرقىي تۈركىستاننىڭ باشقا جايلىرىدىكى خىتتاي جۇمھۇرىيىتىگە (گومىنداڭغا) قارشى ئۈچ يۆنىلىشلىك جەڭ ئېلىپ باردى. شىمالىي فرونتتا، شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسى 1945-يىلى 9-ئايغىچە تارغاباتاي ۋە ئالتاي رايونىنى ئازاد قىلدى. ئوتتۇرا فرونتتا ، شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسى ماناس دەرياسىنىڭ غەربىدىكى بارلىق رايونلارنى ئازاد قىلدى. جەنۇب فرونتىدا، شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسى تەڭرى تېغى تېغىدىن ئۆتۈپ، 1945-يىلى 9-ئايغىچە ئاقسۇ رايونىنىڭ كۆپ قىسمىنى ئازاد قىلىپ، قەشقەرنى ئازاد قىلىش ئۈچۈن قەشقەر پولكى قۇردى.

شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسىنىڭ شەرقىي تۈركىستاننىڭ جەنۇبىدىكى پۈتۈن رايونلارغا يېتىپ كېلىدىغانلىق خەۋىرى يېيىلغاندىن كېيىن قەشقەر ، ياركەنت ۋە شەرقىي تۈركىستاننىڭ باشقا جايلىرىدىكى ئۇيغۇرلار ۋە باشقا تۈرك خەلقلىرى خىتتاي ئىشغالىيىتىگە قارشى ئىسيان قىلىشقا باشلىدى. شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتى تېز سۈرئەتتە كېڭىيىۋاتاتتى،  ئەمما بۇ 1945-يىلى ئۆكتەبىردە توختاپ قالدى.

1946-يىلى 28-مارت ، شەرقىي تۈركىستان ھۆكۈمەت كېڭىشى 8-ئاپرېلنى شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيە قۇرۇلغانلىقىنىڭ خاتىرە كۈنى دەپ ئېلان قىلغان 249-نومۇرلۇق قارارنى چىقاردى.

شەرقىي تۈركىستان مىللىي ئارمىيىسى 1949-يىلى 12-ئاينىڭ 22-كۈنى خىتاي كوممۇنىستلىرىنىڭ تاجاۋۇز قىلىشى ۋە شەرقىي تۈركىستاننى ئىشغال قىلىشىدىن كېيىن، خىتتاي خەلق ئازادلىق ئارمىيىسىنىڭ 5-قۇرۇقلۇق ئارمىيىسىگە قوشۇۋېتىلدى.